目前，我國有關礦業權許可證制度的規定主要見于《中華人民共和國礦產資源法》《中華人民共和國礦產資源法實施細則》《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》《礦產資源開采登記管理辦法》《探礦權采礦權轉讓管理辦法》《最高人民法院關于審理礦業權糾紛案件適用法律若干問題的解釋》等文件中，在這些文件中，有關礦業權許可證相關的規定可以分為以下幾類：第一是將礦業權許可證作為確定礦區范圍、期限、工作對象、礦業權有效期起始日等的憑證，可見于《中華人民共和國礦產資源法》第十八條、《中華人民共和國礦產資源法實施細則》第六條、《中華人民共和國礦產資源法實施細則》第十六條第一款第一項、《中華人民共和國礦產資源法實施細則》第十七條第一款第一項、《中華人民共和國礦產資源法實施細則》第三十條第一款第一項、《最高人民法院關于審理礦業權糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第三條第一款；第二是將礦業權許可證作為行政登記的結果，可見于《中華人民共和國礦產資源法》第十六條、《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》第四條、《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》第七條、《礦產資源開采登記管理辦法》第三條；第三是作為行政登記的結果以及取得礦業權的前提，可見于《中華人民共和國礦產資源法實施細則》第五條、《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》第八條第四款、《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》第十六條第三款、《礦產資源開采登記管理辦法》第六條第三款、《礦產資源開采登記管理辦法》第十三條第三款、《探礦權采礦權轉讓管理辦法》第十條第二款；第四是僅將其作為取得礦業權的前提，可見于《最高人民法院關于審理礦業權糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第五條。
在這些文件的規定中，雖然礦業權許可證的規定分為四種類型，但是實際上具有三個作用，即作為確定礦區范圍、期限、工作對象、礦業權有效期起始日等的憑證，作為行政登記的結果，作為取得礦業權的前提。現行的這種規定方式往往會給實踐中帶來諸多困惑，且與礦產資源行政管理、司法的發展方向不一致，具體而言，筆者認為存在如下問題：
首先，現行礦業權法律體系對礦業權實行行政審批前置的登記生效主義，即對礦業權的設立或變動需先得到礦產資源行政主管部門的審批登記后，方可發生法律效力，此種做法不利于將礦業權作為一種用益物權加以保護。根據《中華人民共和國物權法》第一百二十三條，礦業權屬于用益物權，同時礦業權本身與礦業權出讓或轉讓的行政許可分別為民事權利與行政權，而目前的“權證合一”模式則將其混同，形成了行政權過度干預民事權利的局面，在礦業權二級市場流轉環節體現尤其突出。對于礦業權這一用益物權而言，實行行政審批前置的登記生效主義，導致行政權干涉民事權利，不利于對礦業權作為民事權利（用益物權）的充分保護，更不利于礦業權的高效流轉，成為礦產資源效能最大程度發揮的障礙。
其次，目前對礦業權的規定混淆了礦業權權利憑證與礦業權的勘查、開采資質憑證。礦業權許可證的取得需要得到行政主管部門的審批登記，而在行政主管部門的審批登記過程中，現行法律往往要求對申請人的資質特別是開采資質進行審查。但對申請人開采資質的審查的目的是為了確定申請人可以行使該項權利，并非對該項權利本身即用益物權的主體法律資質進行審查，僅得到行政主管部門審批通過的主體才能獲得礦業權，這種做法不利于礦業權的正常市場流轉。
最后，現行礦產資源相關法律規定過度加重了礦業權人的安全、環保義務。現行礦產資源有關的法律體系規定礦業權許可證持有人即礦業權人必須承擔相應礦產資源勘查、開采的安全、環保義務，例如在《礦山地質環境保護規定》第三章“治理恢復”就詳細規定了采礦權人的環保義務，以及在《中華人民共和國礦山安全法》《中華人民共和國礦山安全法實施條例》等法律法規中規定了礦山企業的安全義務，這就要求礦業權出讓、轉讓的受讓人必須具備勘查、開采相應的安全、環保資質等全部礦業權人資質，否則，相關礦業權出讓、轉讓不能通過礦產資源行政主管部門的批準。這種規制方式提高了礦業權人的資質門檻，但礦業權人并非實際勘查、開采人，這種資質門檻的提高不利于礦業權市場的構建。
針對上述問題，筆者主張對礦業權許可證制度進行如下改革：
首先，對礦業權的轉讓等實行登記對抗主義，即礦業權的轉讓等未經登記不得對抗善意第三人，承認其未經審批登記而轉讓等的有效性。采取這種方式，可以保障礦業權人的合法權益，以及保證礦業權的正常市場流轉，同時還可以促進礦業權流轉市場的建設，以利于礦產資源效能的充分發揮。
其次，將礦業權許可證定性為對礦業權即用益物權的許可，而將對礦業權勘查、開采資質的許可另行設立相應證書。即將礦業權與礦業權的勘查、開采資質完全分離，由礦業權許可證規制礦業權，而由礦業權勘查、開采資質證書規制礦業權的權利具體行使。由于礦業權人不一定是實際的勘查、開采人，采用這種規制方式可以減輕礦業權人的負擔，讓更多的市場主體參與到礦業權流轉市場中，加速我國的礦業權市場構建。
最后，將礦業權許可證上的環保、安全等義務進行剝離，另行管理。目前我國將礦業權人的環保、安全等義務附加于礦業權許可證上，但礦業權許可證的本質應為對礦業權的許可，而非對礦業權勘查、開采資質的許可，因此出于減輕礦業權人負擔、加快構建礦業權流轉市場的考慮，建議將與礦業權相關的環保、安全等義務與相應的礦業權勘查、開采資質許可相關聯。
針對目前我國礦業權法律體系中對礦業權許可證的規定會給實踐帶來諸多困惑，不能適應礦產資源領域發展與改革的需要，筆者提出了三點改革完善的方向，即對礦業權的轉讓等實行登記對抗主義；將礦業權許可證認定為對礦業權人礦業權即用益物權的許可，而將對礦業權勘查、開采資質的許可另行設立相應證書；將礦業權許可證上的環保、安全等義務進行剝離，另行管理。除此之外，礦業權許可證還與礦業用地、礦業用海制度等相關，但篇幅所限，不做過多敘述，希望上述內容能夠助力礦業權法律體系的完善、發展。
